<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><div class="gmail_default"><div class="gmail_default">Prezados(as)</div><div class="gmail_default">Gostaria de convidá-los(as) a assistir mais um seminário em Análise de Dados em Alta Dimensão. Ocorrerá às 13hs, 4/11/2020. Link para google meet abaixo. Desta vez teremos como palestrante, a Profa. Camila de Souza, Assistant Professor in Data Science at Western University in London, Ontario, Canada.</div></div><div style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif"><div style="width:560px;display:flex;min-height:40px;padding-right:4px;box-sizing:border-box;outline:none;color:rgb(0,0,0);font-family:Roboto,Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:14px"><div style="color:rgb(60,64,67);line-height:16px;padding-bottom:6px;padding-top:6px;overflow:hidden;text-overflow:ellipsis;white-space:nowrap;padding-left:8px"><div style="line-height:normal;overflow:hidden"><div style="color:rgb(112,117,122);font-size:12px;line-height:18px;overflow:hidden;text-overflow:ellipsis"><div style="display:flex"><a href="https://meet.google.com/bzx-pbva-imx?hs=122&authuser=1" rel="noreferrer noopener" target="_blank" style="color:rgb(26,115,232);text-decoration-line:none;display:block;outline:none;overflow:hidden;text-overflow:ellipsis">meet.google.com/bzx-pbva-imx</a></div></div></div></div><div style="display:flex;max-height:40px;width:auto;overflow:auto;padding-left:8px"><div style="display:flex;overflow:hidden"><div style="border:0px;border-radius:50%;display:inline-block;height:32px;outline:none;overflow:hidden;text-align:center;width:32px;color:rgb(95,99,104);vertical-align:top"><div style="background-size:cover;opacity:0;background-image:radial-gradient(circle farthest-side,rgba(32,33,36,0.055),rgba(32,33,36,0.055) 80%,rgba(32,33,36,0) 100%)"></div><span style="opacity:1"><span style="display:inline-block;opacity:1"><span style="font-family:"Material Icons Extended";font-size:20px;line-height:1;display:inline-block;direction:ltr;font-feature-settings:"liga";opacity:1"></span></span></span></div></div></div></div><div style="width:560px;display:flex;min-height:40px;padding-right:4px;box-sizing:border-box;outline:none;color:rgb(0,0,0);font-family:Roboto,Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:14px"><div style="color:rgb(60,64,67);line-height:16px;padding-bottom:6px;padding-top:6px;overflow:hidden;text-overflow:ellipsis;white-space:nowrap;padding-left:8px"><div style="line-height:normal;overflow:hidden"><a href="https://meet.google.com/bzx-pbva-imx" target="_blank">https://meet.google.com/bzx-pbva-imx</a><br></div><div style="line-height:normal;overflow:hidden"><br></div><div style="line-height:normal;overflow:hidden"><b style="color:rgb(0,0,0);font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:16px;white-space:normal">Title of Talk: </b><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:16px;white-space:normal">Epiclomal: probabilistic clustering of sparse single-cell DNA methylation data</span><br></div><div style="line-height:normal;overflow:hidden"><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:16px;white-space:normal"><span class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><b>Speaker</b>: Prof. Camila de Souza, Western University, Canada</span><br></span></div><div style="line-height:normal;overflow:hidden"><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:16px;white-space:normal"><span class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><br></span></span></div><div style="line-height:normal;overflow:hidden"><span style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;white-space:normal;color:black">Abstract: In this talk, I will present Epiclomal, a probabilistic method to cluster sparse CpG-based DNA methylation data from single-cell whole-genome bisulfite sequencing (sc-WGBS). Our approach is based on a hierarchical mixture model, which pools information from observed data across all cells and neighboring CpGs to infer the cell-specific cluster assignments and their corresponding hidden methylation profiles. Using synthetic and published single-cell CpG datasets we show that Epiclomal outperforms non-probabilistic methods and is able to handle the inherent missing data feature which dominates sc-WGBS. Using a novel sc-WGBS dataset from breast cancer xenografts, we show that Epiclomal discovers sub-clonal patterns of methylation in aneuploid tumor genomes, thus defining epiclones. We show that epiclones may transcend copy number determined clonal lineages, thus opening this important form of clonal analysis in cancer. Epiclomal has been recently published at PLOS Computational Biology </span><span style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:small;white-space:normal;color:black">(</span><a href="https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1008270" target="_blank" style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:small;white-space:normal">https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1008270</a><span style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:small;white-space:normal;color:black">).</span><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:16px;white-space:normal"><span class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><br></span></span></div><div style="line-height:normal;overflow:hidden"><br></div><div style="line-height:normal;overflow:hidden"><br></div><div style="line-height:normal;overflow:hidden"><b style="color:rgb(0,0,0);font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:16px;white-space:normal">Biography:</b><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:16px;white-space:normal"> Dr. Camila de Souza is an Assistant Professor in Data Science at Western University in London, Ontario, Canada. Dr. de Souza’s research program consists of developing novel statistical methods to analyze large and complex data structures arising from various areas in the Natural Sciences, Health, and Engineering, such as cancer genomics, molecular biology, and electrical engineering. Dr. de Souza received her Ph.D. in Statistics at the University of British Columbia and was a postdoctoral fellow at the BC Cancer Research Centre working on statistical methods for high-dimensional sequencing data. Dr. de Souza is originally from Brazil where she received both her Bachelor's and Master's degrees at the University of Campinas.</span></div></div></div></div></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div>Ronaldo Dias, Ph.D.</div>Professor<div>Dept. of Statistics-IMECC, UNICAMP</div><div><a href="http://www.ime.unicamp.br/~dias" target="_blank">www.ime.unicamp.br/~dias</a></div><div><br></div></div></div></div></div></div></div>