[ABE-L] Simulating an epidemic

[Alexandre Galvão Patriota]

Prezados,

Para quem quiser replicar as simulações (
https://www.ime.usp.br/~patriota/Covid19.html), a partir de hoje
disponibilizo os códigos no repositório github:

https://github.com/AGPatriota/Covid19 <https://t.co/tThu4T5nXF?amp=1>

Neste mesmo sitio, encontra-se o código para criar os gifs da evolução do
número de mortos desde o primeiro morto. Todos os códigos estão em R.

Usem e abusem, citem se precisarem. Forks com novos cenários serão
bem-vindos.

Atenciosamente
Alexandre.

On Sun, 5 Apr 2020 at 18:06, Alexandre Galvão Patriota <patriota em ime.usp.br>
wrote:

> Abaixo veja a evolução do número de mortos por continente. Alguns tem me
> perguntado como fiz para simular os dados:
>
> Usei o modelo epidemiológico compartimental. A dinâmica ocorre por
> compartimentos, a saber
> Susceptíveis -> infectados -> {Mortos, Recuperados}
>
> A dinâmica de entrada em e saída de cada compartimento são definidas por
> meio das equações diferenciais. Para simular os dados basta definir as
> probabilidades de passar de um compartimento para outro.
>
> 1. Gerei números aleatórios dentro de um cenário.
> 2. As partículas andam conforme um passeio aleatório dentro do cenário.
> 3. Todos são susceptíveis e escolho aleatoriamente alguns que serão
> infectados. Eu posso começar com um infectado, por exemplo.
> 4. Defino a probabilidade de que um susceptível seja infectado se ele
> entrar em contato com um infectado (a uma certa distância pré-definida).
> 5. Defino probabilidades de um infectado morrer a cada passo ou se
> recuperar ou continuar como infectado.
> 6. Deixo o sistema rodar até atingir 500 iterações.
>
>
> [image: Evolucao-mortos-Continente.gif]
>
>
>
>
> On Sat, 4 Apr 2020 at 22:27, Alexandre Galvão Patriota <
> patriota em ime.usp.br> wrote:
>
>> Prezados,
>>
>> Segue abaixo a evolução do número de mortos pelo Covid19 desde o primeiro
>> morto até o dia de hoje para os seguintes países: Brasil, Alemanha, Itália
>> Suécia e Estados Unidos. Notem que o primeiro morto em cada país ocorre em
>> datas diferentes.
>>
>> Brasil no início seguindo de perto a Itália. Notem a explosão do número
>> de mortos nos Estados Unidos a partir do vigésimo dia. Aguardemos para
>> saber o que acontecerá nas próximas semanas.
>>
>> [image: Evolucao-mortos.gif]
>>
>> Att
>>
>>
>>
>>
>> On Thu, 2 Apr 2020 at 12:15, Alexandre Galvão Patriota <
>> patriota em ime.usp.br> wrote:
>>
>>> Caros,
>>>
>>> Estou começando a simular alguns cenários em forma de cluster.
>>>
>>> A infecção se inicia em um cluster inicial, mais denso, em apenas 3
>>> pessoas e se espalha por proximidade do infectado com alguém susceptível.
>>> Depois de infectado, o individuo tem dois desfechos possíveis: recuperação
>>> ou morte.
>>>
>>> Os resultados dependem bastante da distância mínima para evitar
>>> contágio. Segue um exemplo:
>>> [image: teste2.gif]
>>> Abraços.
>>>
>>>
>>> On Fri, 27 Mar 2020 at 19:46, Alexandre Galvão Patriota <
>>> patriota em ime.usp.br> wrote:
>>>
>>>> Prezados,
>>>>
>>>> Recomendo os videos abaixo para aqueles que estão tentando modelar
>>>> epidemias:
>>>>
>>>> https://www.youtube.com/watch?v=gxAaO2rsdIs&feature=youtu.be
>>>>
>>>> https://www.youtube.com/watch?v=MZ957qhzcjI
>>>>
>>>>
>>>> Att
>>>>
>>>>
>>>> Prof. Dr. Alexandre G. Patriota,
>>>> Department of Statistics,
>>>> Institute of Mathematics and Statistics,
>>>> University of São Paulo, Brazil.
>>>>
>>>
>>>
>>> --
>>> Prof. Dr. Alexandre G. Patriota,
>>> Department of Statistics,
>>> Institute of Mathematics and Statistics,
>>> University of São Paulo, Brazil.
>>>
>>
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>> Department of Statistics,
>> Institute of Mathematics and Statistics,
>> University of São Paulo, Brazil.
>>
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> Prof. Dr. Alexandre G. Patriota,
> Department of Statistics,
> Institute of Mathematics and Statistics,
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Prof. Dr. Alexandre G. Patriota,
Department of Statistics,
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Nome: Evolucao-mortos.gif
Tipo: image/gif
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Nome: Evolucao-mortos-Continente.gif
Tipo: image/gif
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Descrição: não disponível
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