[ABE-L] Simulating an epidemic

Ter Abr 21 11:36:07 -03 2020

Oi Alexandre,

Parabéns pelo trabalho e obrigado por partilhá-lo.

Abs

Caio

Em seg., 13 de abr. de 2020 às 20:29, Alexandre Galvão Patriota <
patriota em ime.usp.br> escreveu:

> Prezados,
>
> Para quem quiser replicar as simulações (
> https://www.ime.usp.br/~patriota/Covid19.html), a partir de hoje
> disponibilizo os códigos no repositório github:
>
> https://github.com/AGPatriota/Covid19 <https://t.co/tThu4T5nXF?amp=1>
>
> Neste mesmo sitio, encontra-se o código para criar os gifs da evolução do
> número de mortos desde o primeiro morto. Todos os códigos estão em R.
>
> Usem e abusem, citem se precisarem. Forks com novos cenários serão
> bem-vindos.
>
> Atenciosamente
> Alexandre.
>
> On Sun, 5 Apr 2020 at 18:06, Alexandre Galvão Patriota <
> patriota em ime.usp.br> wrote:
>
>> Abaixo veja a evolução do número de mortos por continente. Alguns tem me
>> perguntado como fiz para simular os dados:
>>
>> Usei o modelo epidemiológico compartimental. A dinâmica ocorre por
>> compartimentos, a saber
>> Susceptíveis -> infectados -> {Mortos, Recuperados}
>>
>> A dinâmica de entrada em e saída de cada compartimento são definidas por
>> meio das equações diferenciais. Para simular os dados basta definir as
>> probabilidades de passar de um compartimento para outro.
>>
>> 1. Gerei números aleatórios dentro de um cenário.
>> 2. As partículas andam conforme um passeio aleatório dentro do cenário.
>> 3. Todos são susceptíveis e escolho aleatoriamente alguns que serão
>> infectados. Eu posso começar com um infectado, por exemplo.
>> 4. Defino a probabilidade de que um susceptível seja infectado se ele
>> entrar em contato com um infectado (a uma certa distância pré-definida).
>> 5. Defino probabilidades de um infectado morrer a cada passo ou se
>> recuperar ou continuar como infectado.
>> 6. Deixo o sistema rodar até atingir 500 iterações.
>>
>>
>> [image: Evolucao-mortos-Continente.gif]
>>
>>
>>
>>
>> On Sat, 4 Apr 2020 at 22:27, Alexandre Galvão Patriota <
>> patriota em ime.usp.br> wrote:
>>
>>> Prezados,
>>>
>>> Segue abaixo a evolução do número de mortos pelo Covid19 desde o
>>> primeiro morto até o dia de hoje para os seguintes países: Brasil,
>>> Alemanha, Itália Suécia e Estados Unidos. Notem que o primeiro morto em
>>> cada país ocorre em datas diferentes.
>>>
>>> Brasil no início seguindo de perto a Itália. Notem a explosão do número
>>> de mortos nos Estados Unidos a partir do vigésimo dia. Aguardemos para
>>> saber o que acontecerá nas próximas semanas.
>>>
>>> [image: Evolucao-mortos.gif]
>>>
>>> Att
>>>
>>>
>>>
>>>
>>> On Thu, 2 Apr 2020 at 12:15, Alexandre Galvão Patriota <
>>> patriota em ime.usp.br> wrote:
>>>
>>>> Caros,
>>>>
>>>> Estou começando a simular alguns cenários em forma de cluster.
>>>>
>>>> A infecção se inicia em um cluster inicial, mais denso, em apenas 3
>>>> pessoas e se espalha por proximidade do infectado com alguém susceptível.
>>>> Depois de infectado, o individuo tem dois desfechos possíveis: recuperação
>>>> ou morte.
>>>>
>>>> Os resultados dependem bastante da distância mínima para evitar
>>>> contágio. Segue um exemplo:
>>>> [image: teste2.gif]
>>>> Abraços.
>>>>
>>>>
>>>> On Fri, 27 Mar 2020 at 19:46, Alexandre Galvão Patriota <
>>>> patriota em ime.usp.br> wrote:
>>>>
>>>>> Prezados,
>>>>>
>>>>> Recomendo os videos abaixo para aqueles que estão tentando modelar
>>>>> epidemias:
>>>>>
>>>>> https://www.youtube.com/watch?v=gxAaO2rsdIs&feature=youtu.be
>>>>>
>>>>> https://www.youtube.com/watch?v=MZ957qhzcjI
>>>>>
>>>>>
>>>>> Att
>>>>>
>>>>>
>>>>> Prof. Dr. Alexandre G. Patriota,
>>>>> Department of Statistics,
>>>>> Institute of Mathematics and Statistics,
>>>>> University of São Paulo, Brazil.
>>>>>
>>>>
>>>>
>>>> --
>>>> Prof. Dr. Alexandre G. Patriota,
>>>> Department of Statistics,
>>>> Institute of Mathematics and Statistics,
>>>> University of São Paulo, Brazil.
>>>>
>>>
>>>
>>> --
>>> Prof. Dr. Alexandre G. Patriota,
>>> Department of Statistics,
>>> Institute of Mathematics and Statistics,
>>> University of São Paulo, Brazil.
>>>
>>
>>
>> --
>> Prof. Dr. Alexandre G. Patriota,
>> Department of Statistics,
>> Institute of Mathematics and Statistics,
>> University of São Paulo, Brazil.
>>
>
>
> --
> Prof. Dr. Alexandre G. Patriota,
> Department of Statistics,
> Institute of Mathematics and Statistics,
> University of São Paulo, Brazil.
> _______________________________________________
> abe mailing list
> abe em lists.ime.usp.br
> https://lists.ime.usp.br/listinfo/abe
>

-- 

===================================================
Assistant Professor,
Department of Statistics, Institute of Mathematics,
Statistics and Scientific Computing,
University of Campinas, Brazil.

Office Phone : 55 - 19 - 35216060
Fax : 55 - 19 - 3521-6094

home-page : http://www.ime.unicamp.br/~cnaber/
===================================================

"Pois desde a criação do mundo os atributos invisíveis de Deus, seu eterno
poder e sua natureza divina, têm sido observados claramente, podendo ser
compreendidos por intermédio de tudo o que foi criado, de maneira que tais
pessoas são indesculpáveis. "
Romanos 1:20
-------------- Próxima Parte ----------
Um anexo em HTML foi limpo...
URL: <https://lists.ime.usp.br/archives/abe/attachments/20200421/ac6fe9d1/attachment-0001.html>
-------------- Próxima Parte ----------
Um anexo não-texto foi limpo...
Nome: teste2.gif
Tipo: image/gif
Tamanho: 2613735 bytes
Descrição: não disponível
URL: <https://lists.ime.usp.br/archives/abe/attachments/20200421/ac6fe9d1/attachment-0003.gif>
-------------- Próxima Parte ----------
Um anexo não-texto foi limpo...
Nome: Evolucao-mortos.gif
Tipo: image/gif
Tamanho: 1302783 bytes
Descrição: não disponível
URL: <https://lists.ime.usp.br/archives/abe/attachments/20200421/ac6fe9d1/attachment-0004.gif>
-------------- Próxima Parte ----------
Um anexo não-texto foi limpo...
Nome: Evolucao-mortos-Continente.gif
Tipo: image/gif
Tamanho: 1155766 bytes
Descrição: não disponível
URL: <https://lists.ime.usp.br/archives/abe/attachments/20200421/ac6fe9d1/attachment-0005.gif>