[ABE-L] Fwd: Covid19

Sex Maio 1 09:50:06 -03 2020

Oi pessoal,

Eu não recomendo muita cautela ao interpretar as estimativas e previsoes
desses e da grande maioria de modelos para covid. O grupo do Fergunson é um
grupo muito bom de modelagem de doenças infecciosas, o relatorio do Samy e
colaboradoes é baseado em um trabalho do pessoal do Imperial. Apesar dos
modelos serem interessantes, a inferência para varios países é muito pobre.
Os dados de casos não refletem a dinamica da epidemia mas a dinâmica da
testagem, e a definicao de casos atual não é consistente entre paises e nem
dentro dos países, pois nao há criterios de inclusao e exclusao de casos
bem definidos. Em particular no Brasil, a partir de um certo momento passou
a dar prioridade aos casos graves, mas ainda alguns lugares notificam casos
leves, o que faz os números serem uma mistura de dados sem uma definição do
caso.

Mais alguns problemas:

Homogeneidade espacial. O Brasil, como todos sabem muito bem, não é
homogêneo (suposicao importante para modelos compartimentais). A epidemia
do Brasil não pode ser vista como uma série única, isso não faz sentido. Em
qq país grande, a epidemia começa em momentos distintos em lugares
diferentes. Então não haverá um único pico da epidemia, o pico da série do
Brasil vai ser dominada por São Paulo e Rio, mas outros lugares terão suas
curvas com um shift e com intensidade bem variadas pois muito lugares tem
politicas de enfrentamento d epidemia bem distintas. Lugares que
conseguiram antecipar o isolamento estão evitando a evolucao rápida, outros
lugares que nao tiveram politicas de isolamento ou agiram tarde demais
estao com um rápido crescimento de casos colocando o sistema de saúde no
limite. E mais adiante qdo a curva comecar a descer em Sao Paulo e Rio,  a
série está em plena ascensão em outros lugares.

Testes não são perfeitos. Os testes não tem especificidade e sensibilidade
alta, pois eles dependem muito da janela imunológica ou da carga viral,
depende do teste. Ou seja, a pessoa pode ter tido covid-19 e o teste dar
negativo pq a coleta aconteceu fora da janela ótima.

Subnotificacao. Para falar de subnotificacao é preciso ter uma definição
clara do que é o caso. E os dados disponíveis não tem essa definição. Mas
vamos supor que a definição de caso é simplesmente alguem com o virus. É
fácil ver que teremos subnotificacao de casos assintomaticos e casos leves
que as pessoas nao vao procurar um posto de saude (nem deveriam, pois nao
tem o que fazer a nao ser espalhar o virus para outros, uma vez que não tem
nenhum tratamento específico), já os casos graves nao tem jeito as pessoas
precisam de atendimento médico. E esses  podem nao ser testados (gerando
subnotificacao), ter resultados negativos ou inconsistentes por conta da
janela imunologica do teste. E ainda tem a subnotificao de obitos por covid
de pessoas que nao procuram servico medico. Esse subregistro pode ou nao
ter um padrao, existem trabalhos nessa linha cito aqui dois artigos com
autores brasileiros: de Oliveria, Loschi e Assunção (2017, Statistics in
Medicine) e Stoner, Economou e da Silva (2019, JASA).

Atraso de notificao: Se estiver olhando para dados reportados hoje, tenha
certeza que o numero de casos é maior do que o observado. Pois existem os
casos que aconteceram mas ainda nao foram reportados. Usualmente tem o
atraso da digitacao do caso que pode levar alguns dias ou semanas. (Alguns
postos de saude nao tem internet, a ficha de notificacao costuma ser levada
para um lugar e nesse lugar ela é digitada e enviada para a secretaria de
saude, q vai tratar o dado excluindo duplicidade por exemplo já que a fcha
pode ser digitada duas ou tres vezes por profissionais diferentes). E para
a covid temos o atraso de laboratorio, onde os LACENS estão com filas para
realizacao do teste, sem contar com falta de insumos e pessoal. Existem
modelos para corrigir atraso de notificao.

Esses são só alguns problemas existentes no terreno das doencas
infecciosas. Nao tinha intenção de escrever esse email, pois nao gosto de
exposicao, mas achei justo compartilhar alguns problemas relacionados a
essa (e outras epidemias) pois sei que muitos grupos no país ligados a
departamentos de estatística estão tentando contribuir de alguma forma com
essa terrivel pandemia, talvez isso possa ajudar de alguma forma.

Abraco,
Leo

On Thu, 30 Apr 2020, 12:17 Andre Maia, <andresantiagomaia em gmail.com> wrote:

> Recomendo também
>
> https://investnews.com.br/relatorios/brazilian_modeling_covid.pdf
>
>
> Em qua, 29 de abr de 2020 às 19:20, Pedro Luis do Nascimento Silva <
> pedronsilva em gmail.com> escreveu:
>
>> Caros redistas,
>>
>> Repasso por sugestão do Prof. Djalma Pessoa, que sugeriu a postagem dessa
>> referência em nossa lista.
>>
>> https://mrc-ide.github.io/covid19-short-term-forecasts/index.html
>>
>> O artigo prevê que teremos número de óbitos por COVID-19 maior que 5.000
>> na semana iniciada em 26 de abril.
>>
>> A leitura do artigo vale a pena. As previsões são baseadas em modelos que
>> estão explicados no artigo, e os autores também tornam disponíveis os
>> códigos usados para elaborar as projeções.
>>
>> Boa leitura. Atenciosamente, Pedro.
>>
>> Pedro Luis do Nascimento Silva
>> IBGE - Escola Nacional de Ciências Estatísticas - National School of
>> Statistical Sciences
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>> Secretário
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